本所位於新北市淡水區，面對淡水河及觀音山，背靠高爾夫球場，東依紅毛城，西傍砲臺埔古蹟地區，地理環境對於從事家畜衛生試驗研究工作頗為適合。

我國推行家畜衛生改進工作首先於日據時期民國前七年在屏東設立牛瘟血清作業所，次在臺北另設獸疫血清作業室，至民國十年前後兩者在臺北合併改稱為獸疫血清作業室，民國二十年遷移至淡水現址，光復後隸臺灣省政府農林廳。

近年來由於各民營動物用生物藥品廠紛紛成立，鑒於家畜疾病防治之試驗研究工作，遠較生物藥品製造業務重要，遂於民國五十一年將本所改制為臺灣省家畜衛生試驗所，並於七十七年八月將動物用藥品檢定部分提升為動物用藥品檢定分所；綜攬動物用藥品檢定工作，以提升國內動物用藥之品質為目的。

復因精省關係，本所於八十八年七月一日改隸行政院農業委員會，並更名為行政院農業委員會家畜衛生試驗所。