牛、羊、豬等偶蹄獸感染口蹄疫病毒後，根據病毒病原性的強弱、感染量的多寡，其潛伏期不一，短者一天，長至十數天，才會出現水泡等病灶，甚至完全沒有症狀。因此，走私尚在潛伏階段或沒有症狀之帶毒活畜，即有可能在國內發病；若走私屠體時，則因屠體內之淋巴結及骨髓內之病毒可能逃過熟成酸鹼值降低之影響，而將口蹄疫病毒傳入國內。事實上，口蹄疫除了會藉由走私畜產品及活畜而傳入國內外，人員之觀摩、交流、疫區參觀旅遊亦有可能。