疾病診斷組近年來執行之監測計畫：牛海綿狀腦病監測、狂犬病監測、野鳥家禽流行性感冒監測、牛流行熱疫情監控。

 牛海綿狀腦病（簡稱BSE），俗稱狂牛症（Mad cow disease），是一種引起牛致死性的傳染性神經退行性疾病。於1985年在英國首次被發現，臨床症狀主要是行為異常，包括有行動遲緩、動作無法協調、精神沉鬱、狂燥不安、流涎、舔鼻、磨牙等，對聲音、光線或觸覺之刺激敏感。部分發病牛隻出現神經質，甚至攻擊人或其他牛隻的異常行為，故被稱為狂牛症。病原是一種稱為「變性普里昂（Scrapie prion protein, PrP^Sc）」的蛋白質，這病原會造成人與多種動物的漸進性中樞神經系統的疾病統稱為傳播性海綿狀腦病（Transmissible spongiform encephalopathies；TSEs），TSE疾病的病因皆與變性普里昂有關，因此又被稱為普里昂疾病（Prion disease），目前已知人的新型庫賈氏病（Variant CJD, vCJD）是由BSE所引起的。

我國為了防範BSE的入侵，確保國民健康及畜牧產業之永續發展，具體的相關防範措施，除了加強檢疫、防範走私、禁止反芻動物所製之肉骨粉的使用外，本所兼負國內BSE監測工作的執行，自1998 年起依據世界動物衛生組織之監測方法持續進行本病之監控計畫，針對國內兩歲以上有神經症狀、高齡淘汰、衰弱病死等牛隻進行監測，至2024 年為止共檢測逾15,000頭，檢查結果皆為陰性，可證實我國仍為該病之非疫國。

2010年至2024年牛海綿狀腦病監測統計

2010年至2024年共檢測11,886例牛腦組織，經酵素連結免疫吸附法(ELISA)檢測，皆未發現異常之普里昂蛋白質（Prion）。至今為止臺灣仍為牛海綿狀腦病風險已控制國家。

24月齡以上牛腦組織牛海綿狀腦病監測