本所位於新北市淡水區，面對淡水河及觀音山，背靠高爾夫球場，東依紅毛城，西傍砲臺埔古蹟地區，地理環境對於從事家畜衛生試驗研究工作頗為適合。台灣推行家畜衛生改進工作首先於民國前7年在屏東設立牛瘟血清作業所，次在臺北另設獸疫血清作業室，至民國10年前後兩者在臺北合併改稱為獸疫血清製造所，民國20年遷移至淡水現址，光復後隸臺灣省政府農林廳。近年來由於各民營動物用生物藥品廠紛紛成立，鑒於家畜疾病防治之試驗研究工作，遠較生物藥品製造業務重要，遂於民國51年將本所改制為臺灣省家畜衛生試驗所，並於77年8月將動物用藥品檢定部分提升為動物用藥品檢定分所；而綜攬動物用藥品之檢定工作，以提升國內動物用藥之品質為目的。復因精省關係，本所於88年7月1日改隸行政院農業委員會，並更名為行政院農業委員會家畜衛生試驗所。鑒於行政院農業委員會家畜衛生試驗所業務主要執掌為動物衛生保健、疾病防治及研究試驗等事項，所內多為研究實驗室不宜對外開放參觀，自94年起開始進行「獸醫防疫技術資料館」之規劃建造，以便將百年歷史文物事蹟保存，運用我國現有電子、資訊自動化等技術展現。 

獸醫防疫技術資料館位於新北市淡水區馬偕街17之1號，參觀採取自由參觀及團體預約解說服務（由行政院農業委會家畜衛生試驗所秘書室安排導覽人員，提供詳細的介紹），其展示類別可分為歷史回顧、獸醫與防疫工作、疫苗與製劑、閱覽室（DIY）教室等項目。