法定職掌包括動物疾病、獸醫病理學與動物疾病診斷技術等之研究、獸醫技術輔導及協助推動獸醫師繼續教育等事項。近年本組工作尤著重於重要人畜共通傳染病、家禽流行性感冒、狂犬病麗沙病毒等重要動物傳染病的診斷與監測，並協助國內獸醫服務體系擴充檢驗量能與檢測項目。 沿革疾病診斷組始於民國56年10月本所增設之技術輔導課，66年2月本所組織編制員額異動調整後，各業務課改稱為系，名稱更改為「疫學研究系」。88年6月時更改名稱為「疫學研究組」。民國112年8月為配合行政院組織改造及更貼合本組業務職掌，本組再更名為「疾病診斷組」。89年11月本所為因應獸醫試驗與推廣所需，新建完成獸醫試驗中心，由疾病診斷組負責管理。該中心內部有實驗室、學員宿舍、教室及會議室，可供作為獸醫師及相關產業人員教育與訓練之適合場所。為提昇檢驗品質與技術能力，本組於91年10月通過財團法人全國認證基金會認證（實驗室認可編號0854）；92年12月生物資源大樓動物疾病診斷中心竣工，由疾病診斷組與生物組進駐，提供國內更完整之動物疾病檢診服務。 主要工作項目疾病診斷組主要業務 (一)負責動物疾病診斷中心之運作：服務全國農民及公務獸醫  |  | 診斷中心同仁將送件資料登記於紀錄本中 | 於實驗室進行動物疾病檢測 |
(二)家畜禽及伴侶動物重要疾病微生物學、流行病學及病理學研究  |  |  | 負壓解剖房之工作場景 | 全自動高通量核酸分析儀 | 快速微分子定量分析儀 |  |  | 全自動磁珠式核酸萃取平台 | 全自動連續稀釋系統 |
(三)獸醫技術訓練及推廣：基層獸醫及農民教育訓練。  |  | 舉辦講習班供基層獸醫師瞭解疾病診斷流程。 | 辦理演講提供獸醫師在職教育訓練。 | 
| | | 動物防疫機關赴禽場採樣，協助農民送檢本所進行家禽疾病檢測。 | |
(四)重要人畜共通傳染病診斷與監測：高病原性家禽流行性感冒、狂犬病及牛海綿狀腦病。  雞的喉頭拭子採樣
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