依據農業部獸醫研究所處務規程第九條，秘書室掌理事項如下：
一、研考、文書、檔案、印信典守、出納、採購、事務、財產、辦公廳舍及工友管理。
二、國會、地方聯絡、媒體公關業務及綜合性業務。
三、不屬其他各組、室、中心事項。