人類感染西尼羅熱的潛伏期約5~15天，臨床上大多呈現輕微的感染，會有發熱、頭痛、喉嚨痛、背痛、肌肉疼痛、關節痛、結膜炎、皮膚發疹、淋巴腺腫脹、反胃、腹痛、下痢和呼吸症狀等。較嚴重者則會有明顯的頭痛、發高燒、知覺喪失、昏睡、發抖、抽搐和痲痺等症狀。死亡病例大多是發生在五十歲以上的老年人。病例的死亡率約3~15%