家畜衛生試驗所於2017年5月23日經世界動物衛生組織(WOAH)第85屆年會獲得認可成為WOAH豬瘟之參考實驗室。目前WOAH於全球共設立9個豬瘟參考實驗室。

WOAH豬瘟參考實驗室同時為國家豬瘟診斷實驗室，除對國內、外送檢疑似豬瘟病例進行診斷外，也對WOAH會員國提供科學與技術性服務、協助與諮詢，並與其他WOAH豬瘟參考實驗室合作研究。本所WOAH豬瘟參考實驗室亦於2022年通過ISO/IEC 17025 Taiwan Accreditation Foundation (TAF)認證相關審查。